Oсновну и средњу школу је похађао у Крагујевцу, а Велику школу у Београду, где је на Техничком факултету завршио математичку групу. Оставио је значајан траг по преданом раду као педагог и саставио неколико уџбеника из математике. Након домаћих студија усавршавао се кратко време у Минхену.
Између 1875. и 1881. године радио је као професор у Крагујевцу, где је ушао је у круг присталица Светозара Марковића.
Био је професор и директор Прве мушке гимназије (1881–1894), секретар и начелник Министарства просвете Краљевине Србије, професор и директор Реалке и Друге београдске гимназије у периоду 1895–1906. године.
Значајан траг је оставио као књижевник. Аутор је бројних литерарних дела, међу којима су најпознатија путопис На Дунаву и роман из предратног београдског живота под насловом На странпутици. Збирка српских епских песама Лазарица или Бој на Косову: народна епопеја у 25 песама, доживела је чак четири издања.
Међу осталим делима су: Косовска епопеја: преглед покушаја за састав народнога епа о боју на Косову, Нова Србијанка: борбе за ослобођење 1804–1815. године, Историја Српске књижевне задруге, Слободно зидарство: његов циљ и принципи, његова прошлост и садашњост: писма брата.
Бавио се и публицистичким радом.
Стојковић се истакао и као утемељивач и оснивач неколико друштава и институција. Његова дугогодишња активност у Српској књижевној задрузи била је веома запажена. Прво је од 1906. године био члан Управног одбора и потпредседник, а затим председник од 1920. до 1928.
Један је од оснивача Друштва „Светог Саве”, заједно са Светомиром Николајевићем и Ђоком Миловановићем, са којима је основао и масонску ложу „Побратим”. Његова књига о масонској историји донела је много драгоцених података о масонерији и њеном упливу у савремену српску историју.
Спада и међу осниваче Друштва „Краљ Стефан Дечански” које је помагало глувонеме, а учестовао је и у раду Инвалидског фонда „Св. Ђорђе”, као и у раду Коларчеве и Чупићеве задужбине.
Умро је у Београду, јануара 1928. године. На опелу у Саборној цркви, између више говорника, привукли су нарочиту пажњу један глувонеми дечак и једна слепа девојчица, који су говорили о свом великом добротвору.