Osnovnu i srednju školu je pohađao u Kragujevcu, a Veliku školu u Beogradu, gde je na Tehničkom fakultetu završio matematičku grupu. Ostavio je značajan trag po predanom radu kao pedagog i sastavio nekoliko udžbenika iz matematike. Nakon domaćih studija usavršavao se kratko vreme u Minhenu.
Između 1875. i 1881. godine radio je kao profesor u Kragujevcu, gde je ušao je u krug pristalica Svetozara Markovića.
Bio je profesor i direktor Prve muške gimnazije (1881–1894), sekretar i načelnik Ministarstva prosvete Kraljevine Srbije, profesor i direktor Realke i Druge beogradske gimnazije u periodu 1895–1906. godine.
Značajan trag je ostavio kao književnik. Autor je brojnih literarnih dela, među kojima su najpoznatija putopis Na Dunavu i roman iz predratnog beogradskog života pod naslovom Na stranputici. Zbirka srpskih epskih pesama Lazarica ili Boj na Kosovu: narodna epopeja u 25 pesama, doživela je čak četiri izdanja.
Među ostalim delima su: Kosovska epopeja: pregled pokušaja za sastav narodnoga epa o boju na Kosovu, Nova Srbijanka: borbe za oslobođenje 1804–1815. godine, Istorija Srpske književne zadruge, Slobodno zidarstvo: njegov cilj i principi, njegova prošlost i sadašnjost: pisma brata.
Bavio se i publicističkim radom.
Stojković se istakao i kao utemeljivač i osnivač nekoliko društava i institucija. Njegova dugogodišnja aktivnost u Srpskoj književnoj zadruzi bila je veoma zapažena. Prvo je od 1906. godine bio član Upravnog odbora i potpredsednik, a zatim predsednik od 1920. do 1928.
Jedan je od osnivača Društva „Svetog Save”, zajedno sa Svetomirom Nikolajevićem i Đokom Milovanovićem, sa kojima je osnovao i masonsku ložu „Pobratim”. Njegova knjiga o masonskoj istoriji donela je mnogo dragocenih podataka o masoneriji i njenom uplivu u savremenu srpsku istoriju.
Spada i među osnivače Društva „Kralj Stefan Dečanski” koje je pomagalo gluvoneme, a učestovao je i u radu Invalidskog fonda „Sv. Đorđe”, kao i u radu Kolarčeve i Čupićeve zadužbine.
Umro je u Beogradu, januara 1928. godine. Na opelu u Sabornoj crkvi, između više govornika, privukli su naročitu pažnju jedan gluvonemi dečak i jedna slepa devojčica, koji su govorili o svom velikom dobrotvoru.