Први председник и један од оснивача Српске књижевне задруге био је историчар, филолог, књижевник, библиотекар, државни саветник, министар, председник владе. Свакој области којом се бавио потпуно се посвећивао, уносећи дух реформаторства и у великој мери утичући на развој српске науке.
Стојан Новаковић је био професор на Великој школи, где је предавао светску и српску књижевност и словенску филологију. Као историчар и библиограф поставио је темеље модерној историјској науци, одвојивши историјске изворе од народног предања. Као управник Народне библиотеке старао се о библиотечкој грађи, законски регулисао рад и надлежности библиотека и дао назив најзначајнијем споменику ћирилске писмености – Мирослављевом јеванђељу. На његову иницијативу уведено је правило обавезна три примерка која се достављају Библиотеци, а 1881. године донет Закон о Народној библиотеци и Народном музеју.
На месту министра просвете у влади Јована Ристића спровео је реформу средњег образовања, чије су се неке тековине до данас одржале, као што је подела гимназије на друштвени и природни смер.
Приликом оснивања Српске краљевске академије, 1886. године, изабран је за једног од првих 16 редовних чланова, а указом од 1. фебруара 1906. постављен за председника. На свечаном скупу у славу стогодишњице Вука Караџића, Новаковић је поднео уводни реферат о задацима Академије у неговању српског језика и изнео предлог за израду речника савременог српског језика.
Био је председник Српске књижевне задруге у два мандата, од 1892. до 1895. и после од 1908. све до смрти 1915. године.
Током шест деценија рада објавио је преко 500 научних дела и 50 књига, међу којима и „Законик Стефана Душана цара српског“.
Српска књижевна задруга за свог првог председника и оснивача имала је јединствену просветитељску личност, свестрану, посвећену напретку свог народа и народном уједињењу. Једнако се истакао и као научник и као делатник, јер је све оно за шта се борио да буде утемељено у закону, доследно спроводио и у пракси. Зато и данас једнаком снагом одзвањају његове речи са Прве Скупштине Српске књижевне задруге, одржане 22. маја 1893. године, да су њени оснивачи „остављали на страну све што би нас могло делити”, да би, с друге стране, „јаче потражили оно што нас може зближити и саставити”, што је остао један од основних принципа у раду СКЗ.